2000/01

陳佩卿女士調任聖公會聖提摩太小學總校長，由雷頴儀女士接任下午校校長。

參加香港中文大學「學校自我評估」培訓，展開校本自評。

2001/02

由四年級開始推行普通話教中文，至2010年度二至六年級全面推行普教中。

成立學校發展小組，成功申請將上、下午校於2005年度分拆成兩所全日制學校。上午校遷往油塘新校舍，下午校原址擴建校舍。

2002/03

全體教職員前往深圳與百花小學、東海外語小學作教學交流。

增聘外籍英語教師駐校，協助英文科教師授課及推行英語活動。

教育統籌局副秘書長王啟思先生到校參觀。

2003/04

假香港大會堂舉行創校三十五周年校慶感恩崇拜暨文娛匯演，由徐贊生主教主禮，盛況空前。

2004/05

李少鶴先生接任總校長。

原校舍新翼擴建工程展開。

2005/06

雷頴儀女士接任總校長。

原址擴建新翼校舍工程竣工，上、下午校正式分拆，全面推行全日制。 

推行「赤子情 中國心」計劃，帶領全體六年級學生到內地交流學習。

2006/07

舉行三十八周年校慶感恩崇拜暨校舍新翼奉獻典禮，由徐贊生主教、蘇以葆主教及曾國偉牧師蒞臨主禮証道。

與廣州菩提路小學結為姊妹學校，進行兩地師生互訪，切磋觀摩。

成立校友會籌備委員會。

參加香港中文大學「學會學習：元認知在學與教的應用」計劃，優化學教果效。

數學科參加教育局主辦的「內地與香港教師交流與協作計劃」，獲派一名內地數學科特級教師到校，進行教學交流及協作工作。

2007/08

校友會正式成立，由1981年度畢業的陳基業校友擔任校友會主席。

與姊妹學校進行學生交流計劃，讓兩地學生體驗中、港不同的生活模式。

2008/09

參加香港中文大學「從『促進學習的評估』提升幼兒及初小學生的自主學習能力」計劃，提升學生學習動機及潛能。

創校四十周年，舉行校慶感恩崇拜、校慶運動會及文藝匯演，同頌主恩。